Библиотечное обслуживание в Рубцовске в военное время не прекращалось.

Городская библиотека размещалась в те годы на втором этаже клуба «12 лет Октября» (позже — Рубцовский драматический театр). Сохранились некоторые сведения о работе библиотеки в годы Великой Отечественной войны. В одном из сохранившихся номеров газеты «Большевистский призыв» опубликована информация о том, что в 1944 г. в библиотеке насчитывалось 1100 читателей, в детском отделе — около 1500. За год приобретено 1012 книг, в т.ч. произведения Л. Толстого, Н. Гоголя, И. Тургенева, М. Горького; получено из Москвы 1860 книг и 1790 — из Кировской области.

В марте 1945 года газета сообщила читателям о проведенном горкомом ВЛКСМ рейде по библиотекам города. Отмечено плохое состояние городской библиотеки: недостатки в ее работе, низкая температура и теснота помещения, невнимание горисполкома к нуждам библиотеки.

В годы Великой Отечественной войны вместе с эвакуированным оборудованием Харьковского тракторного завода в город прибыли 3 тыс. книг, положивших начало профсоюзной библиотеке Алтайского тракторного завода, открытой в 1943 г. Несколько лет библиотека размещалась в комнате общежития. В конце 1948 г. библиотеке предоставили помещение в новом доме по ул. Вокзальная, 6 (ныне Комсомольская, 130).

В 1946 году открылась профсоюзная библиотека завода «Алтайсельмаш».

(Впоследствии профсоюзные библиотеки вошли в состав городской Централизованной библиотечной системы).

В редком фонде Центральной библиотеки сохранились книги, изданные в годы Великой Отечественной войны.